Chuck vuole ritrovare suo padre, rapito dalla Fulcrum che vuole ultimare il suo intersect. La CIA non riesce a rintracciare Orion, così Chuck decide di chiedere aiuto a Jill, che concede l'aiuto in cambio di un accordo. Nel frattempo al Buy More Emmett annuncia l’arrivo di un ispettore che dovrà valutare la sua efficienza. Morgan e Emmett stringono quindi un patto: i dipendenti si comporteranno in modo eccellente e loderanno il vicedirettore in modo che questo possa essere promosso e lasciare per sempre il Buy More. Ma in realtà Emmet fa il doppio gioco e finirà per farsi promuovere a direttore del Buy More, rimpiazzando Big Mike. La liberazione del padre di Chuck fallisce, e quando scopre che la CIA non vuole rispettare l'accordo fatto con Jill, Chuck libera la sua ex ragazza. Il Generale Beckman ordina a Sarah di arrestare Chuck e mettere fine al progetto, ma Sarah disobbedisce e decide di aiutare Chuck a trovare suo padre.