ll Generale Beckman sospetta che i sentimenti tra Chuck e Sarah possano essere un ostacolo nelle missioni della squadra, così decide di attuare una procedura detta 49-b. Sarah sarà quindi supervisionata momentaneamente dall'agente Alex Forrest, che valuterà il suo comportamento e deciderà se dovrà essere sostituita. Nel frattempo, Rashad Ahmad, collaboratore del terrorista Hassan Khalid, durante una visita a Los Angeles viene colto da infarto e ricoverato per l'impianto di un pacemaker nell'ospedale dove lavorano Devon e Ellie. La missione è inserire un segnalatore nel pacemaker di Ahmad per trasformarlo in una microspia umana in modo da poter scoprire il nascondiglio di Khalid. Devon intanto si prepara alla sua festa di addio al celibato.